Dopo aver rischiato di speronare un mercantile carico di plutonio, una gigantesca "cosa" naviga nell'oceano puntando diritta verso il Giappone. Le autorità militari temono il peggio, ma non si rendono conto che il vero pericolo proviene dai Gayos, tre spaventosi mostri volanti simili a pterodattili, già responsabili della devastazione di un'isola e del massacro dei suoi abitanti. Informato dalla dottoressa Nagamine che per prima, mettendo a repentaglio la vita, ha scoperto le orrende creature, il governo decide di catturarle con uno stratagemma, attirandole e stordendole con carne drogata messa a bella posta in gran quantità in uno stadio. Quando però i Gayos riescono a fuggire, per i giapponesi si profilano nuove morti e distruzioni. A salvare il paese dall'apocalisse, interviene provvidenzialmente la misteriosa "cosa" che nel frattempo è approdata sulla costa: quella che si temeva fosse una infernale minaccia, si rivela Gamera, la colossale tartaruga amica dell'umanità e nemica secolare dei famelici mostri alati.

Il film è, sostanzialmente, il remake di Gamera contro il mostro Gaos. La differenza con l'originale sta tutta in alcune situazioni avventurose ben congegnate e nella qualità degli effetti speciali che negli anni '90 possono avvalersi di tecniche e di scenografie più accurate e più spettacolari. Per il resto, la storia appare abbastanza ingenua e prevedibile. Una pellicola di questo genere può sembrare ormai anacronistica allo spettatore occidentale (la leggendaria testuggine gigante torna sullo schermo ben 24 anni dopo Gamera vs. Zigra), ma per il pubblico giapponese - che pure negli ultimi decenni ha familiarizzato con una fantascienza tematicamente e stilisticamente assai più sofisticata - il fascino di Gamera è intatto e riesce ancora ad evocare quel meraviglioso amalgama di favola e folklore che fà parte di un autentico patrimonio culturale.

Nella versione per il mercato anglosassone, il film è conosciuto con i titoli Gamera: Giant Monster Midair Showdown e Gamera: The Guardian of the Universe.