La mosca 2 continua il racconto del precedente film La mosca del 1986.
Anton Bartok, ricco proprietario di una rivista scientifica, si prende cura del figlio di Brundle e di Veronica - non sopravvissuta al parto - e, in gran segreto, lo trasferisce nei suoi laboratori. L'uomo è a conoscenza degli esperimenti di teletrasporto della materia effettuati dal defunto scienziato e pensa di poter utilizzare il bambino per un non meglio precisato tornaconto. Martin, questo è il nome del piccolo, apparentemente è sano e normale, ma l'alterazione genetica che ne ha accompagnato la nascita provoca in lui uno sviluppo abnorme nel fisico e nella mente, trasformandolo in soli 5 anni anni in un ventenne dotato di intelligenza superiore. Il giovane è presto in grado di continuare gli studi del padre, ma ignora di essere prigioniero nello stabilimento di Bartok: le telecamere lo spiano in continuazione e quando intreccia una relazione con un'impiegata, Bartok non esita a licenziare la ragazza. Martin, scoperta negli archivi una registrazione che testimonia la tragica fine dei genitori, tenta invano di fuggire. Ormai soggetto ad un'irreversibile, spaventosa mutazione, egli sa che il solo modo di salvarsi è entrare nella cabina del teletrasportatore insieme ad un'altra persona. Martin costringe Bartok a seguirlo nell'esperimento e, restituito alla normalità, assiste alla trasformazione dell'altro in una bestia mostruosa.

Mel Brooks, in veste di produttore, convince Chris Walas - già responsabile del make-up di La mosca - ad esordire alla regia. Del precedente cast rimane l'attore John Gezt nella parte del direttore della rivista per la quale scriveva Veronica.

I precedenti film sulla "mosca":
L'esperimento del dottor K (1958)
La vendetta del dottor K (1959)
La maledizione della mosca (1965)
La mosca (1986)