A bordo di un sottomarino alcuni scienziati, studiando il comportamento di una immensa faglia sui fondali delle isole giapponesi, si rendono conto che è imminente uno sconvolgimento sismico di portata colossale. Nessuno crede alle loro voci allarmate e quando cominciano a verificarsi terremoti di intensità inaudita è ormai troppo tardi per effettuare l'evacuazione del paese. Una formidabile serie di eruzioni sprofonda il Giappone negli abissi marini.

Pur appartenendo propriamente al filone catastrofico, il film è spesso considerato una drammatica metafora fantapolitica dei difficili rapporti tra il Giappone e l'Occidente. Non a caso nel corso della vicenda il Giappone si ritrova da solo ad affrontare l'emergenza, un po' per la superficialità dei suoi governanti, ma anche per il rifiuto del mondo occidentale ad accogliere l'ipotesi di ospitare una straripante massa di profughi. L'incubo della catastrofe che da sempre accompagna la produzione cinematografica giapponese, stavolta, è interpretato in chiave più tragica poichè non risolto con la finzione dei vari Godzilla, ma proiettato in uno scenario apocalittico nel quale l'identità culturale isolazionistica orgogliosamente e fedelmente ribadita si frantuma senza speranza.